Problem mit DOS-Box im Vollbildmodus

Hallo,
ich verwende eine native DOS-Applikation (Real-Modus) für ein Messgerät unter Windows 98SE. Das Programm arbeitet in der Vollbildarstellung im Grafik-Modus, was ansich auch problemlos funktioniert.
Nebenbei überwache ich im Hintergrund mit dem Tool "SpeedFan" die Prozessor- und Systemtemperatur des PCs und erzeuge im Alarmfall über den Aufruf einer Batch-Datei eine Textdatei, welche wiederum der DOS-Applikation den Fehlerstatus für eine kontrolliertes Programmende signalisieren soll.
Dummerweise wird beim Aufruf der Batch-Datei die DOS-Anwendung selbst minimiert (wandert in die Taskleiste). Das an für sich wäre nicht so dramatisch, wenn sie dann im Hintergrund weiter aktiv wäre. Aber sie "friert ein" und reagiert überhaupt nicht mehr auf den Fehlerstatus. Erst wenn ich sie per Hand wieder in den Vordergrund hole, läuft sie weiter.
Nur das ist ja nicht gerade Sinn und Zweck eines automatischen Shutdowns einer Software, die eigentlich unbeaufsichtigt laufen soll...
Ich habe schon versucht den Aufruf der Batch-Datei über eine vorgeschaltete PIF-Datei mit der Einstellung "minimiert" zu realisieren, aber das Ergebnis war dasselbe. Auch die Einstellungen der DOS-Applikation selbst habe ich schon geprüft. Die Hintergrundaktivität steht auf "minimum" und "immer vorübergehend aussetzen" ist deaktiviert.
Gibt es noch eine Möglichkeit dieses Verhalten irgendwie zu verhindern, bzw. das DOS-Programm wieder automatisch in den Vordergrund zu holen?

Ich wäre für jede Hilfe dankbar!
Thomas